Pierwszy dworzec w Krakowie powstał w latach 1844-1847, jako stacja końcowa Kolei Krakowsko-Górnośląskiej.
W 1871 roku, po likwidacji ogrodów przydworcowych, budynek został powiększony niemal dwukrotnie, do obszaru zajmowanego obecnie.
W planach rozbudowy Krakowa kilkakrotnie rozważano zmianę lokalizacji dworca. Niemieccy okupanci planowali wybudować nowy dworzec na Dębnikach, a władze PRL w okolicach Ronda Mogilskiego.
Współczesna modernizacja dworca zlokalizuje wszystkie funkcje obsługi pasażerów w nowym obiekcie podziemnym będącym elementem nowoczesnego węzła komunikacyjnego. Dworzec usytuowany pod istniejącymi dziś peronami połączy ze sobą podziemny szybki tramwaj, komunikację autobusową, połączenie kolejowe do portu lotniczego w Balicach, parking oraz centrum handlowe Galeria Krakowska.